lunes, 11 de septiembre de 2017

Revistas de vanguardia: el reconocimiento a los revisores en Zookeys

Dentro de las últimas tendencias en las revistas académicas digitales está hacer los procesos de revisión por pares más pertinentes, automatizados y abiertos, una buena estrategia para lograrlo es dar los créditos correspondientes por la revisión de los artículos a los revisores, colegas que dedican tiempo y talento a evaluar y mejorar los artículos publicados, un ejemplo de este tipo de prácticas se puede encontrar en Zookeys.

 Zookeys (https://zookeys.pensoft.net) es una revista académica, especializada en estudios de biodiversidad, de acceso abierto y de rápida difusión, que tiene como funciones acelerar la investigación y el libre intercambio de información en taxonomía, filogenia, biogeografía y evolución de los animales, ésta es sin duda una de las revistas digitales más innovadoras en contenidos y e-taxonomía, formato, herramientas electrónicas asociadas y estrategias editoriales.

En la liga correspondiente a los revisores más activos se puede ver en orden decreciente a los especialistas que han revisado más artículos. Esta tarea es sin duda una tarea digna de reconocimiento que pocas veces considerado en las evaluaciones con su justo valor. ¿Qué otras revistas conoces que den el crédito correspondiente a sus revisores?

https://zookeys.pensoft.net/most_active_reviewers

martes, 21 de marzo de 2017

Herramientas de actualización de información académica en la Web

Uno de los retos del manejo de información especializada en la actualidad tiene que ver con la cantidad, la diversidad, la dispersión y rapidez todas estas características que pueden ser ventajosas, se pueden convertir en un problema si no se usan las herramientas adecuadas para mantenerse actualizado, aquí una de las presentaciones que utilizo para explicar este tema.

 


lunes, 20 de marzo de 2017

Internet, Publicaciones y Ciencia


Desde hace algunas décadas se habla de la sociedad de la información. Las tecnologías que surgen van modificando las conductas, la enseñanza, la difusión de conceptos y la forma en que se hace investigación. La manera en que las personas, en general, y los científicos en particular se apropian de los conceptos científicos está cambiando vertiginosamente.

domingo, 19 de marzo de 2017

Ciclo: Manejo de Información Científica (biología y medicina)

Muchos de los cursos, seminarios y asesorías que imparto tiene en común que incluyen definiciones, explicaciones y protocolos relacionados con la generación, recuperación, publicación y uso de la información especializada en ciencia, como apoyo he generado documentos, presentaciones y carteles que pretenden ser un apoyo y guía. Ha llegado el momento de utilizar no solo la letra y la imagen sino también animarla y agregar la voz, por eso ahora empiezo un Ciclo de entradas y videotutoriales que sirvan para que un mayor número de especialistas pueda entrenarse en la cultura del manejo de información especializada a través de la Web.


Como primer paso les presento la estructura general que utilizare para lograrlo: 1) en este blog llamado Información especializada en Biología y Medicina publicare la entrada con la descripción y los comentarios del tema a tratar, que estará asociada a la 2) presentación  para que pueda ser utilizada como referencia y para tomar notas, además 3) publicaré el vídeo en mi canal de Youtube en la lista de reproducción Manejo de Información Científica (biol y med)Es también por estos medios que podré recibir preguntas, comentarios y sugerencias.




Presentación





Vídeo







viernes, 10 de marzo de 2017

Meshable aplicación para buscar resúmenes de PubMed utilizando el MeSH y palabras clave

El tesauro MesH del NCBI sin duda es una herramientas más elegantes, eficientes y útiles para buscar información, aquí una nueva aplicación Web que permite idendificar los términos MeSH estrechamente relacionados con una consulta específica basado en la co-ocurrencia de palabras del texto y los términos MeSH indexados en los artículos, para encontrar las palabras clave que están relacionadas con cada término MeSH. De tal manera que permite hacer búsquedas en PubMed utilizando tres criterios: 1) términos MeSH, 2) Palabras clave y 3) terminos MeSH más las palabras claves.

Veamos un ejemplo: la búsqueda en PubMed para el género de plantas Camellia a la que pertenece la planta del Té Camelia sinensis, está desplegada en la siguiente liga: 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Wilbur/IRET/MESHABLE/gettopic.cgi?query=camellia

De tal forma que en el momento de esta búsqueda para Camelia sinensis se recuperan 1870 registros con el criterio 1 y 2561 para el criterio 3, esto un aumento significativo en la búsqueda lo que hace a esta herramienta una muy buena opción para hacer búsquedas más exactas en PubMed.

Los detalles están publicados en Sun Kim, Lana Yeganova, W. John Wilbur; Meshable : searching PubMed abstracts by utilizing MeSH and MeSH-derived topical terms . Bioinformatics 2016; 32 (19): 3044-3046. doi: 10.1093/bioinformatics/btw331

La aplicación está disponible en en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Wilbur/IRET/MESHABLE/



miércoles, 8 de marzo de 2017

El periodismo científico puede estar o no, basado en la evidencia!

Uno de los temas en boga en la actualidad respecto a la información científica disponible tiene que ver con la confiabilidad y la calidad, mucha información es convincente pero incorrecta. Comúnmente las publicaciones científicas de calidad deben presentar evidencias y ser revisadas por pares, pero la manera en la que es interpretada y difundida generalmente deja mucho que sesear, este es el tema tratado en  Science journalism can be evidence-based, compelling — and wrong. (2017). Nature, 543(7644), 150-150. doi:10.1038/543150a



martes, 7 de marzo de 2017

Identificadores de Recursos de Investigación (Research Resource Identifiers, RRIDs)


La La iniciativa de identificación de recursos (Resource Identification Initiative, RRID]) es un proyecto piloto que fue lanzado en febrero de 2014, que consiste en asignar Identificadores de Recursos de Investigación (Research Resource Identifiers, RRIDs) a tres recursos de investigación: Anticuerpos, organismos modelo y herramientas (software y bases de datos) (Force111.org).



Es estos identificadores deben ir especificados en la sección del método de los artículos de investigación. su función es mejorar la identificación y la reproducibilidad, para ello los RRIDs cumplen tres criterios clave: 1) son legibles por máquinas, 2) su generación y acceso son gratuitos y 3) son consistentes entre los editores y revistas. De tal manera que son asignados por una base de datos autorizada para cada tipo de recurso, por ejemplo una base de datos de organismos modelo. Para facilitar a los autores la obtención de RRIDs, todas estas bases de datos se reunieron y se pusieron a disposición en un portal web central (http://scicrunch.org/resources). 

Hasta 2016 se publicaron 300 artículos en más de 62 revistas diferentes.
Una explicación sencilla está disponible en: http://blog.neuinfo.org/wp-content/uploads/2016/04/AuthThrSciCrunch.pdf






Referencias

1: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan SS, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N; RINL
Resource Identification Initiative.. The Resource Identification Initiative: A
Cultural Shift in Publishing. Neuroinformatics. 2016 Apr;14(2):169-82. doi:
10.1007/s12021-015-9284-3. PubMed PMID: 26589523; PubMed Central PMCID:
PMC5072392.

2: Bernard C. Editorial: Introducing Research Resource Identification Initiative 
at eNeuro. eNeuro. 2016 Mar 10;3(2). pii: ENEURO.0046-16.2016. doi:
10.1523/ENEURO.0046-16.2016. PubMed PMID: 26985453; PubMed Central PMCID:
PMC4785379.

3: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan SC, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N. The 
Resource Identification Initiative: A Cultural Shift in Publishing. J Comp
Neurol. 2016 Jan 1;524(1):8-22. doi: 10.1002/cne.23913. PubMed PMID: 26599696;
PubMed Central PMCID: PMC4684178.

4: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan SC, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N; RINL
Resource Identification Initiative.. The Resource Identification Initiative: a
cultural shift in publishing. Brain Behav. 2015 Dec 8;6(1):e00417. doi:
10.1002/brb3.417. PubMed PMID: 27110440; PubMed Central PMCID: PMC4834942.

5: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan S, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N;
Resource Identification Initiative Members are listed here:
https://www.force11.org/node/4463/members.. The Resource Identification
Initiative: A cultural shift in publishing. Version 2. F1000Res. 2015 May 29
[revised 2015 Jan 1];4:134. doi: 10.12688/f1000research.6555.2. PubMed PMID:
26594330; PubMed Central PMCID: PMC4648211.



lunes, 6 de marzo de 2017

Top 100 de los artículos del 2016 según Altmetric

Una de las aplicaciones más llamativas de los estudios métricos son los rankings muy queridos por unos, odiados por otros pero utilizados por todos, aquí una lista interesante sobre los 100 artículos de investigación más discutidos en el 2016 según Altmetrics.
Después de ver la lista no me queda la menor duda de que así es.





Manejo de información especializada en biología y medicina

El manejo de información es la especialidad encargada de investigar, difundir, enseñar y aplicar las teorías, métodos, conceptos, enfoques, herramientas y aplicaciones  relacionadas con gestionar la información, la literatura y los datos insumo y producto de la práctica científica, tecnológica y de innovación como un recurso valioso.
Implica la planeación, el desarrollo y la ejecución de diseños, arquitecturas, políticas, prácticas y procedimientos para procesar apropiadamente todas las las necesidades del ciclo de la información de un individuo, grupo o institución. Así es la disciplina encargada de caracterizar, estudiar, recolectar, sistematizar, estructurar, preservar, curar, recuperar, clasificar, evaluar, procesar, compartir, usar, publicar, visualizar y analizar de manera innovadora y óptima la literatura, los datos y los conocimientos asociados a ésta para obtención de nuevo conocimiento, resolver problemas y tomar decisiones por procesos informáticos.
La información producto de investigación comúnmente consta de documentos y datos, estos se sistematizan en colecciones, con la finalidad de estructurarlos, estandarizarlos, analizarlos y reutilizarlos.
La curación de información se define como la actividad de organizar,  representar, y hacer que la información sea accesible para los seres humanos y las computadoras mediante la traducción e integración metadatos de una colección, cuyos objetivos se centran en formar conjuntos de información de calidad, precisa, pertinente, estructurada, interoperable, accesible, reutilizable, por mencionar los más importantes.
Se entiende a la normalización como uno de los subprocesos fundamentales de la curación porque permite establecer una  serie de reglas que involucran análisis y transformación de las estructuras de los datos en relaciones que mantengan propiedades únicas permitiendo la consistencia, la mínima redundancia y la máxima estabilidad.
Todo esto solo tiene sentido en un contexto en el que existe la cultura necesaria para conocerlos e implementarlos, es la intención de este foro ahondar al respecto.

Hangouts de Google

A través de la plataforma de Google (Gmail) es muy facil poderse comunicar en tiempo real, para esto existen dos herramientas el chat y hangout (videoconferencia), aquí las instrucciones para su uso:

Chat

Hangout

Ayuda de Hangout


Google Drive

Dentro de las herramientas de Google que nos han resultado más útiles para el manejo de información está Google Drive

  • Funciona como servicio de almacenamiento en la nube.
  • Cuenta con su propia serie de aplicaciones que permiten la creación y manejo de documentos, así como la capacidad de compartirlos.
  • Permite el trabajo simultáneo en línea.
  • Se puede descargar tanto en ordenadores (computadoras) como en móviles (celulares, tablets, etc.) ofreciendo la capacidad de acceso a la información almacenada en cualquier lugar y contar con un respaldo.
  • Es un servicio gratuito.
  • Ofrece 15GB de espacio de almacenamiento.
  • Capacidad de trabajo e interacción (colaboración) de manera simultánea o en diferentes tiempos con personas ubicadas en otros lugares mediante el uso de documentos compartidos.
  • Permite la creación y manejo de distintos tipos de documentos mediante el uso de aplicaciones incluidas dentro de Drive.
  • Cuenta con un buscador de información para encontrar documentos fácilmente dentro de los archivos almacenados.
A continuación los tutoriales para su uso.






Gmail

Dentro de las soluciones de Google que utilizamos para el manejo de información, la herramienta que integra a todas las demás es Gmail, todo funciona a partir de la generación de una cuenta de correo electrónico, las indicaciones básicas para para su funcionamiento se pueden consultar en la siguiente liga: https://www.google.com/intl/es-419/gmail/about/.

Una vez que se tiene acceso a Gmail, se pueden hacer uso de todas las aplicaciones que proporciona google, una introducción a Google Apps está disponible en el siguiente vídeo:





sábado, 4 de marzo de 2017

Hacia un mejor manejo de la información: Repositorio Institucional del CICESE

Más de 900 tesis digitalizadas
¡Lee, descarga o imprime!

El repositorio institucional de este centro de investigación, que se liberó en junio del año pasado y que cuenta a la fecha con 928 objetos (tesis de los egresados de 1999 a 2017).

Una nota sobre el Repositorio CICESE disponible en: http://conacytprensa.mx/index.php/centros-conacyt/boletinescentros/13542-hacia-un-mejor-manejo-de-la-informacion-repositorio-institucional-del-cicese.


Los temas de este foro

Caracterizar, estudiar, recolectar, sistematizar, preservar, curar, recuperar, clasificar, evaluar, procesar, compartir, usar, publicar, visualizar y analizar, tanto cualitativa como cuantitativamente por procesos informáticos los datos, la  literatura y la información biológica, médica y de la salud, de manera actualizada, innovadora y óptima para obtener nuevo conocimiento, resolver problemas y tomar decisiones.



Información Biológica y Médica

Muchas de las preguntas y las inquietudes que trato con los investigadores, especialistas o estudiantes con los que trabajo son comunes y útiles para cualquier interesado en la información especializada, pero algunas otras son singulares, entretenidas, interesantes y por demás innovadoras, sirva este foro para vernos, leernos y conversar sobre ellas.