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Herramientas de actualización de información académica en la Web

Uno de los retos del manejo de información especializada en la actualidad tiene que ver con la cantidad, la diversidad, la dispersión y rapidez todas estas características que pueden ser ventajosas, se pueden convertir en un problema si no se usan las herramientas adecuadas para mantenerse actualizado, aquí una de las presentaciones que utilizo para explicar este tema.

 

Internet, Publicaciones y Ciencia

Desde hace algunas décadas se habla de la sociedad de la información. Las tecnologías que surgen van modificando las conductas, la enseñanza, la difusión de conceptos y la forma en que se hace investigación. La manera en que las personas, en general, y los científicos en particular se apropian de los conceptos científicos está cambiando vertiginosamente.

Ciclo: Manejo de Información Científica (biología y medicina)

Muchos de los cursos, seminarios y asesorías que imparto tiene en común que incluyen definiciones, explicaciones y protocolos relacionados con la generación, recuperación, publicación y uso de la información especializada en ciencia, como apoyo he generado documentos, presentaciones y carteles que pretenden ser un apoyo y guía. Ha llegado el momento de utilizar no solo la letra y la imagen sino también animarla y agregar la voz, por eso ahora empiezo un Ciclo de entradas y videotutoriales que sirvan para que un mayor número de especialistas pueda entrenarse en la cultura del manejo de información especializada a través de la Web.

Como primer paso les presento la estructura general que utilizare para lograrlo: 1) en este blog llamado Información especializada en Biología y Medicina publicare la entrada con la descripción y los comentarios del tema a tratar, que estará asociada a la 2) presentación  para que pueda ser utilizada como referencia y para tomar notas, además 3) publicaré el vídeo en mi canal de Youtube en la lista de reproducción Manejo de Información Científica (biol y med). Es también por estos medios que podré recibir preguntas, comentarios y sugerencias.

Presentación

Vídeo

Meshable aplicación para buscar resúmenes de PubMed utilizando el MeSH y palabras clave

El tesauro MesH del NCBI sin duda es una herramientas más elegantes, eficientes y útiles para buscar información, aquí una nueva aplicación Web que permite idendificar los términos MeSH estrechamente relacionados con una consulta específica basado en la co-ocurrencia de palabras del texto y los términos MeSH indexados en los artículos, para encontrar las palabras clave que están relacionadas con cada término MeSH. De tal manera que permite hacer búsquedas en PubMed utilizando tres criterios: 1) términos MeSH, 2) Palabras clave y 3) terminos MeSH más las palabras claves.

Veamos un ejemplo: la búsqueda en PubMed para el género de plantas Camellia a la que pertenece la planta del Té Camelia sinensis, está desplegada en la siguiente liga: 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Wilbur/IRET/MESHABLE/gettopic.cgi?query=camellia

De tal forma que en el momento de esta búsqueda para Camelia sinensis se recuperan 1870 registros con el criterio 1 y 2561 para el criterio 3, esto un aumento significativo en la búsqueda lo que hace a esta herramienta una muy buena opción para hacer búsquedas más exactas en PubMed.

Los detalles están publicados en Sun Kim, Lana Yeganova, W. John Wilbur; Meshable : searching PubMed abstracts by utilizing MeSH and MeSH-derived topical terms . Bioinformatics 2016; 32 (19): 3044-3046. doi: 10.1093/bioinformatics/btw331

La aplicación está disponible en en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Wilbur/IRET/MESHABLE/

El periodismo científico puede estar o no, basado en la evidencia!

Uno de los temas en boga en la actualidad respecto a la información científica disponible tiene que ver con la confiabilidad y la calidad, mucha información es convincente pero incorrecta. Comúnmente las publicaciones científicas de calidad deben presentar evidencias y ser revisadas por pares, pero la manera en la que es interpretada y difundida generalmente deja mucho que sesear, este es el tema tratado en  Science journalism can be evidence-based, compelling — and wrong. (2017). Nature, 543(7644), 150-150. doi:10.1038/543150a

Identificadores de Recursos de Investigación (Research Resource Identifiers, RRIDs)

La La iniciativa de identificación de recursos (Resource Identification Initiative, RRID]) es un proyecto piloto que fue lanzado en febrero de 2014, que consiste en asignar Identificadores de Recursos de Investigación (Research Resource Identifiers, RRIDs) a tres recursos de investigación: Anticuerpos, organismos modelo y herramientas (software y bases de datos) (Force111.org).

Es estos identificadores deben ir especificados en la sección del método de los artículos de investigación. su función es mejorar la identificación y la reproducibilidad, para ello los RRIDs cumplen tres criterios clave: 1) son legibles por máquinas, 2) su generación y acceso son gratuitos y 3) son consistentes entre los editores y revistas. De tal manera que son asignados por una base de datos autorizada para cada tipo de recurso, por ejemplo una base de datos de organismos modelo. Para facilitar a los autores la obtención de RRIDs, todas estas bases de datos se reunieron y se pusieron a disposición en un portal web central (http://scicrunch.org/resources). 
Hasta 2016 se publicaron 300 artículos en más de 62 revistas diferentes.
Una explicación sencilla está disponible en: http://blog.neuinfo.org/wp-content/uploads/2016/04/AuthThrSciCrunch.pdf

Referencias

1: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan SS, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N; RINL
Resource Identification Initiative.. The Resource Identification Initiative: A
Cultural Shift in Publishing. Neuroinformatics. 2016 Apr;14(2):169-82. doi:
10.1007/s12021-015-9284-3. PubMed PMID: 26589523; PubMed Central PMCID:
PMC5072392.

2: Bernard C. Editorial: Introducing Research Resource Identification Initiative 
at eNeuro. eNeuro. 2016 Mar 10;3(2). pii: ENEURO.0046-16.2016. doi:
10.1523/ENEURO.0046-16.2016. PubMed PMID: 26985453; PubMed Central PMCID:
PMC4785379.

3: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan SC, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N. The 
Resource Identification Initiative: A Cultural Shift in Publishing. J Comp
Neurol. 2016 Jan 1;524(1):8-22. doi: 10.1002/cne.23913. PubMed PMID: 26599696;
PubMed Central PMCID: PMC4684178.

4: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan SC, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N; RINL
Resource Identification Initiative.. The Resource Identification Initiative: a
cultural shift in publishing. Brain Behav. 2015 Dec 8;6(1):e00417. doi:
10.1002/brb3.417. PubMed PMID: 27110440; PubMed Central PMCID: PMC4834942.

5: Bandrowski A, Brush M, Grethe JS, Haendel MA, Kennedy DN, Hill S, Hof PR,
Martone ME, Pols M, Tan S, Washington N, Zudilova-Seinstra E, Vasilevsky N;
Resource Identification Initiative Members are listed here:
https://www.force11.org/node/4463/members.. The Resource Identification
Initiative: A cultural shift in publishing. Version 2. F1000Res. 2015 May 29
[revised 2015 Jan 1];4:134. doi: 10.12688/f1000research.6555.2. PubMed PMID:
26594330; PubMed Central PMCID: PMC4648211.